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西湖大學實行董事會領導下的校長負責制。董事會為學校最高決策機構，同時設立監事會、顧問委員會、校務委員會和學術委員會等。依規設立中共西湖大學委員會，充分發揮政治核心作用，把握社會主義辦學方向，參與學校重大事項決策管理。
董事會作為西湖大學的最高決策機構，對學校重大事項進行研究、討論和審批。2018年4月16日，首屆西湖大學董事會成立，任期四年。2022年4月17日，第二屆董事會召開第一次會議。董事會名譽主席由諾貝爾物理學獎獲得者、中國科學院院士楊振寧擔任，董事會主席由清華大學經濟管理學院第四任院長、文科資深教授錢穎一擔任，董事會副主席由牧原食品股份有限公司董事長秦英林擔任。
監事會
監事會
監事會負責檢查學校財務、人事、教學等辦學管理工作，監督、糾正違反法律法規、損害學校利益的行為。監事會成員為師恩政、趙偉、周星星，監事會主席由趙偉擔任。
中共西湖大學委員會
中共西湖大學委員會
按照民辦教育促進法和西湖大學章程的規定，依規設立中共西湖大學委員會，積極發揮黨組織在學校辦學中的政治核心和思想引領作用。董清源擔任黨委書記，孫幼幼擔任黨委副書記，楊文鑄擔任紀委書記。
學術委員會
學術委員會
學術委員會是學校的最高學術機構，負責學術事務的決策、審議、評定和咨詢等事項。學術委員會遵循學術規律，尊重學術自由、學術平等，鼓勵學術創新，促進學術發展和人才培養，提高學術質量保障教師、科研人員和學生在教學、科研和學術事務管理中充分發揮主體作用，促進學校科學發展。第一屆學術委員會主任由鄧力教授擔任。
