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西湖大學工學院李子青團隊:CAMEO蛋白質結構預測競賽 三個月總成績全球第一
學術研究
人工智能研究與創新實驗室 工學院 2022年11月09日
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工學院

????西湖大學工學院李子青實驗室研發的蛋白質結構預測系統ManiFold,參加蛋白質結構預測競賽CAMEO,三個月總成績位居全球第一。

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CAMEO比賽簡介

????由瑞士生物信息研究所和巴塞爾大學聯合舉辦的全球持續蛋白質結構預測競賽CAMEO(Continous Automated Model EvaluatiOn),與CASP(Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction)并列為蛋白質結構預測領域的最重要的兩大權威競賽。CAMEO競賽的得分和排名每周更新,每個參賽組每周需對約20個由權威結構生物學家最新破解出的蛋白質結構進行預測。該競賽自舉辦以來,吸引了來自世界范圍內眾多生物計算領域頂級實驗室和企業參加,包括清華大學、北京大學、谷歌、百度、騰訊和華為。

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蛋白質結構預測的意義

????蛋白質對于生命體至關重要,了解其空間結構可以促進對蛋白質功能的原理性理解因此,根據氨基酸序列預測蛋白質結構一直以來是生物領域的核心任務之一,具有重大的生物學研究意義。DeepMind開發的AlphaFold2采用AI技術,取得了與冷凍電子顯微鏡等實驗技術相當的精度水平,被稱作結構生物學“革命性”的突破、蛋白質研究領域的里程碑,因此被《Science》和《Nature》評為2021年度十大發現和突破。AlphaFold2開啟了AI+生命科學的新時代,但一切都處于起步階段,仍有許多挑戰性難題亟待解決。

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ManiFold簡介

????由西湖大學李子青團隊開發的ManiFold,致力于為蛋白質結構預測這一生命科學領域的關鍵性問題提供可拓展的系統化解決方案,是一個采用AI技術、集成結構生物學領域知識和高維數據流形約束解決蛋白質結構預測的系統。ManiFold融合了單序列蛋白質語言模型,減少了對同源序列信息的依賴,增強了蛋白質序列編碼器的表征能力;采用旋轉和平移等變約束增強了結構解碼器;進一步采用主鏈與側鏈迭代方式,優化預測結果。

????在最近的三個月(2022.08.05-2022.10.29),ManiFold蛋白質結構預測系統均表現優異,連續三個月的綜合表現位居全球第一名,參賽四個月多次取得月排名、周排名第一至第三的佳績。這證明了ManiFold系統的優越性和穩定性,也展示了開發團隊在AI+蛋白質計算建模的實力。

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研發團隊

????西湖大學講席教授李子青負責的人工智能研究與創新實驗室,致力于AI基礎方法和AI for Science技術研究。CAMEO參賽技術和系統,由鄭蔣濱、黃余飛、王戈、馬思騏等團隊成員研發。未來,團隊將繼續致力于研究新型AI方法,解決蛋白質結構、蛋白質設計和藥物研發等的前沿科學技術問題。

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